Azərbaycan sözü olan Yaponiya sözünün, yapon sözü olan 日本 (yapon dilində Nippon qulaq as və ya Nihon qulaq as kimi tələffüz olunur) sözünün qədim mandarin dili və U dilindəki tələffüzündən törəndiyi güman olunur. Yaponlar özlərini Nihoncin (日本人^?), dillərini isə Nihonqo (日本語^?) adlandırırlar.

Meyci islahatından İkinci dünya müharibəsinin sonuna qədər ölkənin tam adı Dai Nippon Teikoku (大日本帝國^?) (“Böyük Yaponiya İmperiyası”) idi. Müasir dövrdə Nippon-koku və ya Nihon-koku (日本国^?) adından istifadə olunur: yapon dilində Yaponiya kimi izahedici işarəsi olmayan ölkə adlarına “ölkə”, “dövlət”, “xalq” mənasını verən koku (国^?) sözü artırılır.

Niçi (日^?) “günəş” və ya “gün” deməkdir; hon (本^?) isə “təməl” və ya “mənşə” mənasını verir. Sözün ümumi mənası “günəşin mənşəyi” və ya “günəşin doğması” deməkdir (çinlilərin yanaşmasına görə günəş Yaponiyada doğur); buna görə də Qərbdə Yaponiya üçün “Gündoğan ölkə” adından da istifadə olunur. Nihon sözünün rəsmi istifadəsindən əvvəl Yaponiya Va (倭^?) və ya Vakoku (倭国^?) kimi tanınmışdır.^[19]

“Yaponiya” sözü qədim ticarət yolları vasitəsilə Qərbə gəlmişdir. Yaponiya sözünün qədim mandarin və ya U dilindəki tələffüzünü Marko Polo (吳語) Cipangu kimi qeyd etmişdir. U dilinin dialekti olan müasir Şanxay dialektində 日本 (Yaponiya) işarələrinin tələffüzü [zəʔpən] şəklindədir. Qədim malay dilində Yaponiya üçün istifadə olunmuş Cepanq sözü çin dilinin cənub sahilinin dialektlərindən (güman ki, Fukkin və ya Ninqpo dialektləri^[20]) alınmışdır. XVI əsrdə Malakkaya gələn Portuqaliya tacirləri bu malay sözü ilə tanış olmuşdular. Bu sözü ilk dəfə Avropaya gətirənlər portuqallar idi.^[21] İngilis dilində bu söz ilk dəfə Gaipan şəklində 1565-ci ildə qeydə alınmışdır.